Dal Col Negro di Pelsa si apprezza il graduale cambiamento altitudinale della vegetazione: il bosco di abete rosso, gli arbusti di Pino mugo che colonizzano i ghiaioni, le praterie sommitali.
La pecceta subalpina, caratterizzate dalla dominanza dell'abete rosso (Picea excelsa) cui si associa secondariamente il larice, è abbondantemente presente nella zona. Al suo interno prosperano specie arboreo-arbustive: il faggio (Fagus sylvatica), il maggiociondolo alpino (…), il sorbo degli uccellatori (Sorbus aucuparia) e diverse specie di salici (Salix sp.), questi ultimi indicatori della marcata umidità dell'area. Specie tipica del sottobosco della pecceta è l’orchidea più grande d’Europa: la scarpetta della Madonna (Cypripedium calceolus).
Con l’attuazione della Direttiva Europea 43/92 (Direttiva Habitat), l’area Civetta-Cime di San Sebastiano è stata nominata sito d’importanza comunitaria (SIC IT3230084). Nella zona sono presenti i seguenti habitat prioritari (cioè richiedono particolari misure di protezione):
- 9410 Foreste acidofile montane e alpine di Picea (Vaccinio-Piceetea);
- 8210 Pareti rocciose calcaree con vegetazione casmofitica;
- 6170 Formazioni erbose calcicole alpine e subalpine.
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